Использование пэйнтинг-проб хромосом человека для идентификации гомологичных районов в геномах ряда видов млекопитающих

• Автор: Алкалаева, Елена Зиновьевна
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2003
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 125 с. : ил

ОГЛАВЛЕНИЕ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ
Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1 Сравнительный хромосомный пэйнтинг
1.1.1 Особенности сравнительного хромосомного пэйнтинга и его место
среди методов сравнительной геномики
1.1.2. Методические проблемы сравнительного хромосомного пэйнтинга; гетерологичная гибридизация
1.1.3 Исследование представителей отряда парнокопытных с помощью хромосомного пэйнтинга
1.1.4 Сравнительный хромосомный пэйнтинг в отряде хищных
1.1.5 Сравнительный хромосомный пэйнтинг в отряде грызунов _
1.2 Современные представления о филогенетических отношениях млекопитающих на основе молекулярных данных
1.2.1 Филогения грызунов
1.2.2 Филогения хищных
1.2.3 Роль хромосомных перестроек в эволюции
1.3 Основные тенденции эволюции кариотипов
1.3.1 Построение предкового кариотипа
Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1 Материалы
2.1.1 Буферы
2.1.2 Ферменты и конъюгаты
2.1.3 Исследованные виды
2.2 Методы
2.2.1 Реамплификация библиотеке йОР-ПЦР
2.2.2 Мечение зондов
2.2.3 Получение Cot1 ДНК ДНК
2.2.4 Получение препаратов метафазных хромосом
2.2.5 Получение дифференциальных окрасок хромосом
2.2.6 Флуоресцентная in situ гибридизация
Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
3.1 Изучение кариотипических отношений в отряде хищных
3.1.1 Локализация хромосомспецифичных пэйнтинг-проб человека на метафазных хромосомах бурой гиены и гималайской циветы
3.1.2 Построение сравнительной карты хромосом представителей подотряда Feliformia
3.2 Исследование кариотипической эволюции двугорбого верблюда _
3.2.1 Гибридизация пэйнтинг-проб хромосом человека на метафазные хромосомы верблюда
3.2.2 Построение сравнительных карт хромосом
3.4 Выявление закономерностей кариотипической эволюции в отряде зайцеобразных
3.4.1 Локализация хромосомспецифичных пэйнтинг-проб человека на метафазные хромосомы северной пищухи
3.4.2 Сравнение распределения пэйнтинг-проб человека на метафазных хромосомах северной пищухи и кролика
3.5 Изучение тенденций кариотипической эволюции в отряде грызунов
3.5.1 Условия проведения in situ гибридизации на четырех видах грызунов
3.5.2 Локализация пэйнтинг-проб человека на хромосомах бурундука
3.5.3 Локализация пэйнтинг-проб человека на хромосомах бобра
3.5.4 Сравнение G-окрашенных хромосом бобра, бурундука, кролика и человека
3.5.5 Локализация пэйнтинг-проб человека на хромосомах долгонога
3.5.6 Локализация пэйнтинг-проб человека на хромосомах нутрии

[Matthee, Robinson, 1997]. В этом случае долгоног кластеризовался с мышами, гоферовыми и кенгуровыми крысами, семействами, относящимися к подотряду мышевидных грызунов.
1.2.2 Филогения хищных
Филогенетические взаимоотношения в отряде хищных хорошо изучены. Отряд состоит из двух монофилетичных групп: подотряд Feliformia и подотряд Caniformia [Flynn etal., 1998, Bininda-Emonds, 1999].
Feliformia включают три семейства: кошачьи, гиеновые и
виверровые. Предполагается, что виверровые делятся на 2 подсемейства мангустовые и собственно виверровые [Wozencraft, 1989]. Филогенетические отношения между основными таксонами Feliformia до сих пор не ясны. Выдвигаются 3 основные гипотезы: близость кошачьих и гиеновых, близость гиеновых и мангустовых и близость виверровых и мангустовых [Flynn & Nedbal, 1998].
Флин с соавторами с помощью морфологических и молекулярных данных выделили африканскую пальмовую цивету (Nandinia) в ветвь, лежащую базально относительно остальных Feliformia, что подтверждает гипотезу парафилетического происхождения семейства виверровых. Кроме того, они подтвердили близость семейств гиеновых и мангустовых [Flynn et al., 1998]. Однако морфологические и молекулярные исследования до сих пор не позволяют построить детальную филогению Feliformia.
В отличие от группы Feliformia, филогения для группы Caniformia построена более детально. В этой группе существует разделение на два надсемейства: собачьих (Canoidea), с одним семейством псовых, и Arctoidea. Надсемейство Arctoidea содержит семейства куньих, енотовых и медвежьих, а также 3 семейства из отряда ластоногих. Среди этих семейств базальное положение занимает семейство медвежьих, с подсемейством пандовых. Группа семейств ластоногих отделяется от группы семейств куницеобразных, включающей куньих, енотовых, а также красную панду, как базальный вид [Flynn & Nedbal, 1998].