Анализ эволюционной изменчивости внешнего транскрибируемого спейсера рибосомной ДНК тараканов рода Blattella

• Автор: Мысина, Вера Александровна
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2006
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 112 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ
1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1. Характеристика модели исследований
1.1.1. Биология Blattelia germanica и краткое описание других исследованных видов тараканов
1.1.2. Генетика В. germanica
1.2. Структурно-функциональная организация кластера генов рибосомных РНК эукариот
1.2.1. РНК-полимераза I
1.2.2. Общая характеристика организации кластера генов рибосомных РНК эукариот
1.2.3. Регуляция количества копий рибосомной ДНК
1.2.4. Сравнительный анализ структуры рДНК наиболее изученных видов насекомых
1.3. Эволюционная изменчивость кластера рибосомных генов эукариот

1.3.1. Согласованная (концертная) модель эволюции повторяющихся структурных единиц кластера рибосомных генов эукариот
1.3.2. Эволюционная изменчивость генов рибосомных РНК

1.3.3. Эволюционная изменчивость нетранскрибируемых (NTS) и транскрибируемых внутренних (ITS1 и ITS2) спейсеров
1.3.4. Эволюционная изменчивость внешних транскрибируемых спейсеров (ETS)
2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Выборки В. germanica из природных популяций и линии тараканов, использованных в данном исследовании
2.2. Условия содержания В. germanica в инсектарии
2.3. Постановка скрещиваний
2.4. Выделение тотальной ДНК тараканов
2.5. Электрофорез
2.6. Полимеразная цепная реакция
2.7.1. Получение очищенных продуктов ПЦР
2.7.2. Лигирование фрагментов ДНК
2.8. Трансформация клеток E.coli
2.8.1. Приготовление компетентных клеток E.coli
2.8.2. Трансформация компетентных клеток E.coli
2.8.3. Выделение и очистка плазмидной ДНК для идентификации истинных рекомбинантов
2.8.4. Рестрикция рекомбинантных плазмид для установления длины вставки

2.9. Секвенирование фрагментов ДНК
2.10. Компьютерный анализ полученных результатов

3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

3.1. Клонирование и секвенирование ETS рДНКтрёх близкородственных видов тараканов рода Blattelia
3.2. Исследование внутривидовой изменчивости структурной организации ETS рДНК рыжего таракана
3.3. Нуклеотидный состав минорных вариантов ETS рДНК рыжего таракана

3.4. Анализ наследования различных структурных вариантов ETS Blattelia germanica в ряду поколений
3.5. Определение эволюционного времени образования минорных вариантов ETS рыжего таракана
4. ВЫВОДЫ
5. СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

инсерции вызывают дупликацию сайта-мишени и по структуре, выявленной при секвенировании полноразмерных копий, соответствуют мобильным элементам LINE типа [Jakubczak et al., 1990]. Получены данные, указывающие на неслучайность распределения содержащих инсерции генов в кластере рДНК; последние, возможно, формируют протяжённую область на дистальном конце кластера [Hilliker et al., 1980; Terracol, Prud'homme, 1986; Di Nocera et al., 1986; Roiha, Glover, 1981; Xiong, Eickbush, 1988].
Наличие инсерций выявлено и у других видов насекомых. Так, проведённое масштабное исследование 59 видов из 23 групп видов двух основных подродов рода Drosophila на наличие инсерций II типа показало, что они существуют у 57 видов [Lathe, Eickbush, 1997]. Авторы полагают, что инсерции названного типа распространились в исследованной группе путём вертикального переноса около 60 млн лет назад.
Характерной особенностью насекомых является отсутствие метилцитозина в динуклеотидной последовательности CpG в рДНК. Это было показано при исследовании рДНК трёх видов двукрылых мух (Drosophila virilis, Musca domestica, Sarcophaga bullata) и одного перепончатокрылого Psithyrus [Rae, Steele, 1979]. В то же время в рДНК X. laevis почти все цитозиновые остатки в таких динукпеотидных парах являются метилированными. Установлено, что MeCpG последовательности отсутствуют как внутри рДНК, так и внутри других последовательностей ДНК в геномах вышеназванных видов насекомых.
К настоящему времени рДНК одних видов насекомых изучена довольно подробно, других - с той или иной степенью детализации, у ряда видов последовательности генов рРНК и спейсеров установлены лишь частично