Структура и анализ генома вируса Карши

• Автор: Ляпина, Ольга Викторовна
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2006
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 120 с. : ил.

Список использованных сокращений
Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Экология вируса Карши и его географическое распространение
1.2. Биологические свойства вируса Карши
1.2.1. Патогенные свойства вируса
1.2.2. Роль вируса Карши в патологии человека
1.3. Иммунохимические характеристики вируса
1.4. Таксономическое положение вируса Карши
1.5. Молекулярно-биологические характеристики флавивирусов
1.5.1. Структура генома флавивирусов
1.5.2. Вирусные белки
1.5.3. Репродуктивный цикл флавивирусов
1.6. Филогенетические взаимоотношения представителей рода Flavivirus
1.7. Проблемы классификации вирусов комплекса клещевого энцефалита
СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Исследуемые штаммы
2.2. Использованные олигонуклеотидные праймеры
2.3. Выделение вирусной РНК
2.4. Реакция обратной транскрипции
2.5. Проведение полимеразной цепной реакции
2.6. Определение 5’-концевой последовательности геномной

2.7. Электрофорез ДНК
2.8. Подготовка ДНК для секвенирования
2.9. Секвенирование ДНК
2.10. Построение алайментов и филогенетический анализ
2.11. Клонирование ПЦР-фрагментов
Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Определение первичной нуклеотидной последовательности генома вируса Карши (штамм LEIV-2247 Uz)
3.2. Определение первичной нуклеотидной последовательности генома штамма LEIV-7192 Tur
3.3. Анализ структуры полноразмерного генома вируса Карши
3.3.1. Особенности организации белков вируса Карши
3.3.2. 5'-нетранслируемая область генома
3.4. Филогенетические взаимоотношения вируса Карши и
других представителей рода Flavivirus
3.5. Создание лабораторного варианта ОТ-ПЦР для детекции вируса Карши
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
Список литературы
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ СОКРАЩЕНИЙ
а.о. - аминокислотный остаток ВКЭ - вирус клещевого энцефалита ДНТФ - динуклеотидтрифосфат ИФА - иммуноферментный анализ кДНК - комплиментарная ДНК ККЭ - комплекс клещевого энцефалита ОП - олигонуклеотидные праймеры ОРС - открытая рамка считывания ОТ - обратная транскрипция пн - пара нуклеотидов ПЦР - полимеразная цепная реакция РНК - рибонуклеиновая кислота н.о. - нуклеотидное основание НТР - нетранслируемый регион OHFV - Omsk hemorrhagic fever virus TBEV - tick-borne encephalitis virus

Таблица 2 (продолжение)
Для работы со штаммом ЬЕ1У-7192Тиг
57 ССССААбСГАСТАСССТССГТ К81У(Ц341Р секвенирование
58 СССАСССААССвААДСАТС К8ГУ(Ц496Р секвенирование
59 САСТССТССТбСАСТТАСС Тур913Р секвенирование
60 ССААСТСТСААСССС Тур1927Р секвенирование
61 САбТТССАТТСССАСССТСТТТС К81У(1)2119Р секвенирование
62 АААСССААССААСАССТСССАСАС К81У(Ц2995Р ПЦР, секвенирование
63 ААСТбТССТСССАСССААТС Тур3383Р секвенирование
64 ТСААСТСТССТСССАСССААТСТб К8ГУ(Ц3518Р ПЦР, секвенирование
65 ССАСТбССАТАСТСАСААСС Тур4232Р секвенирование
66 ССАТСААССССАТТССАСС К81УЦ)5438Р ПЦР, секвенирование
67 ССААТСССАТАбАСССГСАСС К81У(1)6286Р секвенирование
68 СТСССТСАСТСАССАСААТС ТурббЗОР секвенирование
69 ТТСССАТССААССТССТбАА К8ГУЦ)7993Р ПЦР, секвенирование
70 ТТСТССАССААСТСААСССАТ Тур8277Р секвенирование
71 ССТССТСТСААССАТТССС Тур8769Р секвенирование
72 АТСААССАСССААСААСб Тур9798Р секвенирование
73 САССССАСТССССААСА Тур10050Р секвенирование
74 АТТТСТСАСАСТААССАТС ТурЮбООР ПЦР 3’конца
75 ТбСАСАССТТССАСССАТТСТТАТ Тур25211 секвенирование
76 ССТСССАССАСССТССС К81У(0583Я секвенирование
77 ТСТССТТСССТСССАСАТА К8ГУ(0138711 секвенирование
78 СССССТТССАТССАААСТТТССТТС К8ГУ(1)1887Я секвенирование
79 ССАСАТСААССССССТСССАТС К81У(1)23бт секвенирование
80 ССАТСОААСССАТАССС Тур244411 секвенирование
81 СТСССАбСТСТТббТТСССТТТТ К81У(1)2994Я ПЦР, секвенирование
82 ААСТСААСТСТССТСССАСССААТС КБ1У(03479Р секвенирование
83 ССССААТСГТАТССССАСССААА К81У(03692Я секвенирование
84 СССАССТАССТСССССАТСТТТ КБ1У(1)614311 секвенирование
85 СССААССАСвСААСТТАТ Тур7182Я секвенирование
86 СССТТСААСССТСТСТТССАС К81У(1)7691Я секвенирование
Универсальные олигонуклеотидные праймеры для 1 -ой группы ИДУ
87 &А(СТ)АССТв(СТ)СТСАС(СТ)АТ(АС) АТСТС WN1048F ПЦР
88 СТТСТТСССТТСАССТССА WN1856R ПЦР
Универсальные олигонуклеотидные прайшеры для штаммов вируса Карши.
89 ССАСССААСАТАСТТ К81У9101Я ПЦР
90 ССТСТСССТСТТСАТСААСС К81У8971Я ПЦР
91 ААССССТТСТССАССААСТС К81У8275Р ПЦР
92 ТТСТССАССААСТСААСССАТ КБ1У8281Р ПЦР