Структурные исследования транслирующих рибосом: сравнение компактности пре-транслокационного и пост-транслокационного состояний

• Автор: Баранов, Владимир Иванович
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 1984
• Место защиты: Пущино
• Количество страниц: 187 c. : ил

ВВЕДШИЕ
ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ. Структурно-функциональные свойства
рибосом
Глава I. Структура рибосом
1.1. Структура рибосомных белков и РНК
1.2. Четвертичная структура рибосом
1.3. Функциональные центры рибосом
1.4. Резюме
Глава 2. Структурная лабильность рибосом
2.1. Ассоциация - диссоциация рибосом
2.2. Структурная лабильность рибосомных субчастиц
2.3. Резюме . . - ;
Глава 3. Функционирование рибосом
3.1. Основные компоненты системы трансляции
3.2. Связывание аминоацил-тРНК
3.3. Образование пептидной связи (транспептидация)
3.4. Транслокация
3.5. Резюме
Глава 4. Динамика транслирующих рибосом
4.1. Динамические модели транслирующих рибосом и их
экспериментальная проверка
4.2. Роль факторов элонгации и отр в процессе трансляции
4.3. Резюме
Глава 5. Постановка задачи и выбор методов исследования
5.1. Постановка задачи

5.2. Выбор методов последования
5.2.1. Твердофазная система трансляции
5.2.2. Электронная микроскопия
5.2.3. Сравнительный седиментационный анализ
5.2.4. Методы диффузного рентгеновского и нейтронного рассеяния
5.3. Резюме
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ПАСТЬ
Материалы и методы
1. Выращивание бактериальной массы
2. Выделение и хранение рибосом
3. Выделение тотальной ферментной фракции
4. Выделение препарата суммарной тРНК
5. Аминоацилирование суммарной тРНК фенилаланином
6. Получение фрагментированной поли(У) длиной 110-140 нуклеотидов с окисленным перйодатом
Зчконцом .
7. Получение поли(У), ковалентно связанной с твердым носителем (сефарозой) за Зчконец через расщепляемый Б-Б-мостик.(Сефароза-Б-Б-поли(У))
8. Подбор оптимальных соотношений компонентов трансляции на свободной поли(У)
9. Получение пре-транслокационных и пост-транслокационных состояний транслирующих рибосом
с помощью колонок, содержащих иммобилизованную полиуридиловую кислоту
10. Тестирование функциональных состояний претранслокационных и пост-транслокационных
рибосом

11. Электронная микроскопия транслирующих рибосом
12. Сравнительный седиментадионный анализ
13. Малоутловое диффузное рассеяние нейтронов (метод вариации контраста в нейтронном рассеянии)
14. Малоутловое диффузное рентгеновское рассеяние
15. Материалы
РЕЗУЛЬТАТЫ
1. Получение пре-транслокационных и пост-транслокационных состояний транслирующих рибосом с помощью колонок, содержащих иммобилизованную полиуридиловую кислоту
2. Сравнение пре-транслокационных и пост-транслокационных состояний рибосом методом электронной микроскопии
3. Сравнительный седиментадионный анализ пре-транслокационных и пост-транслокационных состояний рибосом . НО
4. Сравнение компактности пре-транслокационных и пост-транслокационных состояний рибосом методом диффузного рентгеновского рассеяния и вариации контраста в нейтронном рассеянии
ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ
1. Сравнительный седиментадионный анализ пре-транслока-ционного и пост-транслокационного состояний рибосом
2. Сравнение компактности пре-транслокационного и пост-транслокационного состояний рибосом методами рассеяния нейтронов, рентгеновских лучей и электронной микроскопии
3. Перспективы дальнейших исследований, вытекающих из полученных результатов
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

синтеза полипептида, и следовательно, для механизма транслокации /35,58,59,326/. Перемещение матрицы при транслокации является пассивным и осуществляется вследствие перемещения связанной с ней тРНК /302/. Транслокация ингибируется высокими концентрациями ионов %++ и стимулируется низкими концентрациями %++/4,57, 122,245,246/.
При 30 мМ Щ++ транслокация практически не происходит даже в присутствии ер-ц с йТР. При 3 мМ м§++ происходит быстрая транслокация, причем скорость неэнзиматической транслокации сравнима . со скоростью ЕР-й катализируемой транслокации /57/. Скорость транслокации коррелирует также со стабильностью пептидил-тРНК в А-участке рибосомы: при ослаблении взаимодействия пептидил-тРНК сА-участком рибосомы вероятность транслокации возрастает /81,82,83,84,222,271,302/. Вместе с тем, занятость А-участка является необходимой предпосылкой для освобожденияР-участка рибосомы от деацилированной тРНК в условиях транслокации.
Если Р-участок рибосомы содержит деацилированную тРНК, а А-учас-ток не занят, то добавление ЕР-й с йТР не приводит к освобождению деацилированной тРНК из рибосомы /153,164,169,208,219,265, 302/.
Кинетические аспекты процесса транслокации изучены крайне слабо:некоторые термодинамические параметры связывания ер-й с гуанозиннуклетидами и рибосомой можно найти в работах /44,176/.