Поиск генов-мишеней для видоспецифичной идентификации патогенных для человека ортопоксвирусов на олигонуклеотидных микрочипах

• Автор: Михеев, Максим Вячеславович
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2004
• Место защиты: Кольцово
• Количество страниц: 152 с. : ил.

Список используемых сокращений
Обзор литературы
3.1. Классические методы видовой идентификации ортопоксвирусов,
патогенных для человека
3.1.1. Морфологические методы
3.1.2. Биологические методы
3.1.3. Серологические методы
3.2. Современные подходы к видоспецифичной идентификации вирусов
3.2.1. Рестрикционный анализ вирусной ДНК
3.2.2. Полимеразная цепная реакция
3.2.3. Идентификация ортопоксвирусов с использованием полимеразной
цепной реакции
3.3. Олигонуклеотидные микрочипы
3.3.1. Методы изготовления микрочипов
3.3.2. Методы работы с микрочипами
3.3.3. Практическое применение микрочипов в диагностических целях
3.4. Заключение к обзору литературы
Материалы и методы
4.1. Материалы
4.2. Выделение ДНК с помощью набора “QiaAmp Blood mini kit” фирмы
“QIAGEN”(CIIIA)
4.3. Выделение ДНК с помощью набора производства “Медиген” (Россия)
4.4. Выделение ДНК ортопоксвирусов методом A (Biin, Stafford, 1976)
4.5. Выделение ДНК ортопоксвирусов методом Б
4.6. Выделение ДНК ортопоксвирусов методом В
4.7. Выделение ДНК вируса натуральной оспы и вируса оспы обезьян из
инфицированной клеточной культуры Уего
4.8. Выделение ДНК вируса натуральной оспы из струпов
4.9. Амплификация фрагментов ДНК
4.10. Секвенирование фрагментов ДНК
4.11. Компьютерный анализ
4.12. Гибридизация ДНК с олигонуклеотидным микрочипом
Результаты и обсуждение
5.1. Выбор метода выделения ДНК вируса натуральной оспы и других
ортопоксвирусов
5.2. Изучение гена СгтВ в качестве мишени для видоспецифичной
диагностики ортопоксвирусов на олигонуклеотидном микрочипе
5.2.1. Компьютерный анализ последовательности гена СгтВ ортопоксвирусов
5.2.2. Разработка метода видоспецифичной идентификации ортопоксвирусов
на МАИСЫр
5.3. Изучение гена хемокинсвязывающего (уССГ) белка в качестве мишени для
видовой идентификации ортопоксвирусов на олигонуклеотидном микрочипе ;
5.3.1. Секвенирование гена СС1
5.3.2. Компьютерный анализ последовательности гена гСС/ортопоксвирусов
5.3.3. Разработка метода идентификации ортопоксвирусов, патогенных для человека, гибридизацией на олигонуклеотидном микрочипе
5.4. Изучение структуры гена а/р-интерферонсвязывающего белка (а/^-ШМг)
ортопоксвирусов

5.4.1. Секвенирование гена а/р-1РЫг ортопоксвирусов
5.4.2. Анализ видоспецифичных различий в последовательности гена а/р-
^ №№ ортопоксвирусов
6. Заключение
7. Выводы
8. Список использованной литературы
9. Приложение

Е4Ь-и: б’-СОГГСОААААСОТОАОТССОО-З”
Р4Е-Ь: 5’-АТТСССОТТПТГОСАОССАС-3’
В29-Ш: 5’-ССССОТАОТТССОАТАТАСАТААА-3’
В29-Ы: 5’-АСАСТАТТОАСАСАСАААААСААОААО-3’
В29-Шсрху; 5’-СААТСТСТТАТСАТОТСООТААТОТ-3’
В29-Ысрху: 5’-ЛСАТАТТСАСЛСАСАЛЛЛАСЛЛСЛАОТ-3’
В29-Шуагу: 5’-СССССТАСТТССААТАТАСАТААА-3’
В29-Е1уагу; 5’-АСАСТАСТСАСАСАСАААААСААСААС-3’
В29-Шес1у; 5’-ССАСССАС ТЕПТАТАОТААСПТ-З’
В29-Шшрху; 5 ’-ЛССЛААССОАТЛСААТСТСТТЛТСЛТ-З ’
В29-Ыгпрху: 5 ’-ОАСАСААСАОАСАААОАОААТАССААТАО-З Г
В29-и2: 5 ’-АТС ААСтТЮАТТСАССАААТ-З ’
В29-Ь2: 5 ’-ООО АО АСТССТТАССТТОТСС-З ’
В19-1Л: 5’-ТАТССОТСАОАТАСАААТАССТАОА-3’
В19-Ь2: 5 ,_ттспчЗ АТГСТААССТССТСО-З ’
В19-ЕЗ: 5 ’-ТСОАТТСААССАТТТАО АСТСТТ-З ’
В19-Ш: 5 ’ -АСТААСАТТ АСТ АССТТСАСА ААТТАТ АТ А-3 ’
В19-и2: 5 ’-ТТАТСО АТАСССА АСТАТАСАТСТАА-3 ’
В19-иЗ: 5 ’-АТЛСОАСААССГССС ААТАТЛАСАТ-3 ’
ТЫРЕН: 5 ’-ССТТССАО АТТАТОТСАТАССЛАСАСТА-З ’
ТЫРДЗг: 5 ’-ТСССв ЛТАСТССОТАТССТАТТСС-З ’
Буферные растворы:
ТАЕ*1 (40 мМ Трис-НС1; 40 мМ уксусной кислоты; 2 мМ ЭДТА; pH 8,0)
ТЕ (10 мМ Трис-НС1; 1 мМ ЭДТА; pH 7,0)
Лизирующий буфер (ЛБ) (100 мМ Трис-НС1; 100 мМ ЭДТА; 100 мМ ЫаС1; 1% БОБ