Исследование бинарных комплексов РНК и рибосомного белка S7 эубактерий

• Автор: Головин, Андрей Викторович
• Шифр специальности: 02.00.10
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2002
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 99 с. : ил

Исследование бинарных комплексов РНК и рибосомного белка S7 эубактерий.
1 СПИСОК УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ
2 ВВЕДЕНИЕ
3 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ. РИБОСОМНЫЙ БЕЛОК S7 ЭУБАКТЕРИЙ, СТРУКТУРА И ФУНКЦИЯ
3.1 Первичная структура рибосомного белка S7 эубактерий
3.2 Высшие структуры белка S7 эубактерий
3.3 Белок S7 - компонент малой субчастицы рибосомы
3.4 Белок S7 - репрессор сопряженной трансляции str оперона
4 РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
4.1 Компьютерное моделирование третичной структуры EcoS7 и его комплексов с 16S рРНК
4.2 Конструирование супер-продуцента E. coli для белка EcoS7 и выделение EcoS7 и TthS
4.3 Клонирование EcoStr мРНК и получение фрагментов РНК
4.4 Взаимодействие фрагмента Eco16S рРНК с белками EcoS7 и

4.5 Идентификация мест контактов белков EcoS7 и TthS7 с фрагментом Eco16S рРНК методом УФ-индуцируемой «сшивки» с нулевой длиной

Исследование бинарных комплексов РНК и рибосомного белка 67 эубактерий.
4.6 Изучение влияния белков Есо37 и 141137 на структуру фрагмента ЕсоЧбЭ рРНК
4.7 Взаимодействие фрагмента ЕсоБ^ мРНК с белками ЕсоЭ7 и

4.8 Идентификация мест контактов белков ЕсоЭ7 и 14(137 с фрагментом Есов^ мРНК методом УФ-индуцируемой «сшивки» с нулевой длиной
4.9 Изучение влияния белков Есо37 и 14(137 на структуру фрагмента ЕсоЭ^ мРНК
5 ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ
5.1 Используемые штаммы микроорганизмов и реактивы
5.2 Используемые методы
6 ВЫВОДЫ:
7 СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Исследование бинарных комплексов РНК и рибосомного белка S7 эубактерий.
1 СПИСОК УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ
Для аминокислот и их производных использовались обозначения, рекомендованные комиссией по номенклатуре Международного союза чистой и прикладной химии (IUPAC) и Международного союза биохимиков (IUB).
В работе использовались следующие условные сокращения и обозначения:
dNTP - дезоксирибонуклеозид-5'-трифосфат; п.н. - пара нуклеотидов;
а.к. - аминокислота;
«Да - килодальтон;
EcoS7 - рибосомный белок S7 E. coli;
TthS7 - рибосомный белок S7 Т. thermophilw,
BstS7 - рибосомный белок S7 В. stearothermophilus;
Eco16S рРНК - Фрагмент D3LH 16S рРНК: E. coli;
EcoStr мРНК- Фрагмент str мРНК E. coli между цистронами S12 и S7; Tth30S - Малая субчастица рибосом Т. thermophilus.
РСА - Рентгеноструктурный анализ.
ПЦР - полимеразная цепная реакция;
ПААГ - полиакриламидный гель;
БСА - бычий сывороточный альбумин;
SDS - додецилсульфат натрия;
ЭДТА - этилендиаминтетраацетат натрия;
Трис - 2-амино-2-(гидрокси-метил)-1,3-пропандиол;
ИПТГ - изопропилтиогалактозид;
ДМСО - диметилсульфоксид;

Исследование бинарных комплексов РНК и рибосомного белка 67 эубактерий.
белков 87, ЕЕ-Э и, возможно, ЕР-Ти. Кроме того, 87 регулирует уровень синтеза белка Э12, действуя на тот же участок мРНК, что и при репрессии остальных белков. Этот участок мРНК расположен между цистронами белков Б12 и Б7. В соответствии с этими данными регуляция синтеза белка Б12, возможно, аналогична ретрорегуляции синтеза белков !_14 и 1_24 белком Б8 в врс опероне (рис. 11) [70]. Хотя Р1омурой с соавторами механизм регуляции детально не исследовался, ими было высказано предположение, что ретрорегуляция Э12 обусловлена тем, что Э7 каким-то образом вовлечен в ускорение деградации мРНК [75], как это было предложено в случае врс оперона.
Последние данные [71] свидетельствуют о том, что репрессия белком Э7 собственного синтеза осуществляется через репрессию сопряженной трансляции, а не через репрессию инициации собственного синтеза. До сих пор остается неясным вопрос, почему существет такой сложный механизм регуляции. Так, например, совместная регуляция синтеза белков И иИ1 с уровнем синтеза рРНК кажется достаточно жесткой (см. рис. 11). В случае регуляции синтеза Б12 и Э7 ретрорегуляция синтеза Б12 белком Э7 не выглядит столь жесткой и это, возможно, приводит к синтезу Э12 даже при избытке Э7 в растущей клетке (рис. 11). Небходимо добавить, что наряду с регулируемым синтезом существует независимый от сопряженной трансляции уровень синтеза Б7, который составляет 10%.
Существуют разные типы сопряженной трансляции. Например, когда район инициации трансляции маскирован элементом вторичной структуры мРНК, то трансляция предыдущего цистрона разрушает эту вторичную