Молекулярно-генетическое разнообразие и филогения пород и типов пушных зверей семейства Canidae

• Автор: Легкобит, Анна Павловна
• Шифр специальности: 06.02.09
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: пос. Родники Московской обл.
• Количество страниц: 106 с. : ил.

Оглавление

Введение
ГЛАВА 1 .ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Пушное звероводство - как самостоятельная отрасль животноводства
1.2. Проблемы систематики семейства псовых (Canidae)
1.3. Молекулярно-генетическое разнообразие и филогения
пушных зверей
1.4. Исследование генома животных с помощью молекулярных
маркеров
1.4.1. RFLP и VNTR-методы
1.4.2. Методы, основанные на PCR-реакции
1.4.2.1. RAPD анализ
1.4.2.2. STR и STS-маркирование
1.4.2.3. ISSR маркеры
1.5. Картирование генома и полиморфизм структурных
генов сельскохозяйственных животных
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Сбор материала и создание коллекции образцов
2.2. Выделение ДНК
2.3. Амплификация ДНК и детекция продуктов реакции

2.4. Статистическая обработка данных
ГЛАВА 3. ОПТИМИЗАЦИЯ ЭТАПОВ ДНК-ТИПИРОВАНИЯ
3.1. Подбор методов выделения ДНК
3.2. Критерии выбора ДНК-методов для молекулярно-филогенетического анализа
ГЛАВА 4. МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКОЕ МАРКИРОВАНИЕ ПОРОД ПУШНЫХ ЗВЕРЕЙ СЕМЕЙСТВА CANIDAE
4.1. Молекулярное маркирование пород пушных зверей семейства Canidae методом RAPD-анализа
4.2. Молекулярное маркирование пород пушных зверей семейства Canidae методом ISSR-анализа
4.3. Обсуждение
ГЛАВА 5. ХАРАКТЕРИСТИКА ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИХ ОТНОШЕНИЙ ПОРОД ПУШНЫХ ЗВЕРЕЙ СЕМЕЙСТВА
CANIDAE
5.1. Определение филогенетического сходства пород и типов пушных зверей семейства Canidae по данным RAPD- и ISSR-анализов
5.2. Обсуждение
Заключение
Выводы
Предложения производству
Список литературы

ВВЕДЕНИЕ
Эффективное звероводство базируется на максимальном использовании потенциала пород животных, полученных в процессе селекции. В настоящее время активное внедрение в животноводство высокопродуктивных пород и гибридов приводит к постепенному вытеснению их менее перспективных аналогов. Как крайний случай, можно привести пример, когда руководствуясь временной конъюнктурой рынка, некоторые зверохозяйства в 2008-2009 гг. полностью избавлялись от разведения песцов. При очевидных временных экономических преимуществах подобных процессов в целом происходит обеднение генофондов популяций сельскохозяйственных животных. И это при том, что местные породы являются источником уникальных генетических свойств, обладают устойчивостью к неблагоприятным условиям среды, повышенной выносливостью и высокой резистентностью к заболеваниям.
В связи с этим представляет интерес проблема молекулярно-генетической систематики и оценки биоразнообразия существующих и исчезающих пород пушных зверей.
Очень важно, что при использовании ДНК маркеров отпадает необходимость ожидания определенной стадии онтогенеза для отбора толерантных генотипов животных, при этом достаточно небольшого количества генетического материала.
В настоящее время полиморфные последовательности ДНК применяют для маркирования генов и отдельных участков хромосом. Широкое распространение ДНК-маркеры получили также в области молекулярногенетического картирования геномов различных животных, оценки уровня генетического полиморфизма, при генотипировании особей, линий, популяций, видов. Использование ДНК-технологий во многом позволило преодолеть недостатки метода белковых маркеров в решении ряда таксономических вопросов и отдельных задач селекции. Прежде всего, это связано с тем, что ДНК-маркеры не подвержены эндогенному влиянию и могут быть идентифицированы на любой стадии развития живого организма.

этих внутригенных повторов в сторону их увеличения может приводить к нарушению функции этих генов вплоть до полного блока экспрессии и быть причиной ряда тяжелых наследственных заболеваний - болезней экспансии. В качестве зондов для выявления коротких тандемных повторов используют синтетические олигонуклеотиды, построенные из простых повторов трех или четырех нуклеотидов (Горбунова, Баранов, 1997).
Праймер 7 повторов
" 1""" 1£М

Праймер
8 повторов г
9 повторов
чЩ"|?Ц11.4-J~-S.-1 КЫЩч Ж
10 повторов
1 i')-}.
11 повторов
г~,гцД'
Область ДНК-мишени (короткие тандемные повторы)
ЕЕНЕНШ-
* 2- нуклеотидный повтор : (СА)(СА}(СА)* **‘
* 3 -нуклеотидныйповтор : {6СС)(6СС)(6СС)
* 4-нуклеотидныйповтор ; (ААТ6)(ААТ6)|ААТС) * *
* 5 - нуклеотидный повтор ; (АСААА)(АСААА) * * * *
Рис. 9. Принцип STR-маркирования (Biometrics, 2011)
STS (sequence tagged sites) - это короткие (200-500 п.о.) уникальные последовательности (участки) ДНК, т. Н. «сайты, помеченные сиквенсом». Последовательности STS могут быть получены при анализе рестриктных фрагментов, клонированных фрагментов ДНК и зондов, используемых для нахождения генетических полиморфизмов.
В геноме человека идентифицировано около 10 000 STS, подавляющее большинство которых представляет собой тандемные повторы 2-4 нуклеотидов. Благодаря выраженной индивидуальной специфичности и достаточно стабильному 35енделеевскому типу наследования STS-сайты нашли широкое применение и в молекулярной диагностике наследственных болезней, прежде всего в качестве молекулярных маркеров для идентификации мутантных хромосом.