Роль хромосомных нарушений и аберрантного метилирования ДНК в развитии геномной нестабильности при раке молочной железы

• Автор: Скрябин, Николай Алексеевич
• Шифр специальности: 03.02.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2011
• Место защиты: Томск
• Количество страниц: 157 с. : 13 ил.

СОДЕРЖАНИЕ
Список сокращений
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1 Канцерогенез
1.2 Генетические концепции канцерогенеза
1.2.1 Мутационная концепция канцерогенеза
1.2.2 Анеуплоидная концепция канцерогенеза
1.2.3 Эпигенетическая концепция канцерогенеза
1.3 Хромосомные аномалии при раке молочной железы
1.4 Метилирование ДНК при раке молочной железы
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
2.1 Материал
2.2 Морфологическое исследование
2.3 Выделение ДНК
2.4 Сравнительная геномная гибридизация
2.4.1 Получение препаратов метафазных хромосом
2.4.2 Мечение тестируемой и контрольной ДНК
2.4.3 Постановка гибридизации
2.4.4 Детекция гибридизационных сигналов
2.5 Анализ статуса метилирования ДНК с помощью биологического
микрочипа
2.6 Метилспецифическая ПЦР с бисульфитной модификацией ДНК
2.6.1 Бисульфитная модификация ДНК
2.6.2 Метилспецифическая ПЦР
2.6.3 Обработка ДНК CpG-метилазой
2.7 Статистический анализ
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
3.1 Молекулярно-цитогенетический анализ тканей молочной железы и регионарных лимфатических узлов
3.1.1 Спектр и частота хромосомных аномалий тканей молочной железы и регионарных лимфатических узлов
3.1.2 Корреляции хромосомных аберраций и клинических параметров у больных раком молочной железы
3.2 Изучение статуса метилирования ДНК в тканях молочной железы и регионарных лимфатических узлов
3.2.1 Межгрупповой анализ дифференциального метилирования генов в тканях молочной железы и регионарных лимфатических узлов с метастазами
3.2.2 Оценка статуса метилирования генов контроля клеточного цикла RBI, pl4ARF, CDKN2B
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЕ А

Список сокращений
МЖ - молочная железа
ДПП - доброкачественные пролиферативные процессы РЛУ - регионарные лимфатические узлы РМЖ - рак молочной железы ВКМ - внеклеточный матрикс ЭДТА - этилендиаминтетрауксусная кислота PBS — (от англ. Phosphate buffered saline) - фосфатный буфер SSC - (от англ. Saline-sodium citrate) - раствор цитрата и хлорида натрия CGH (от англ. Comparative Genomic Hybridization) - сравнительная геномная гибридизация
FISH - (от англ. Fluorescence In Situ Hybridization) - Флуоресцентная in situ гибридизация
FDR (от англ. False Discovery Rate) - поправка на множественность сравнений
GCPR (от англ. G protein-coupled receptors) - рецепторы, связанные с G-белками.
GWAS (от англ. Genome-wide association study) - полногеномное ассоциативное исследование HR-CGH (от англ. High Resolution CGH) - сравнительная геномная гибридизация высокого разрешения SNP (от англ. Single-nucleotide polymorphism) - однонуклеотидный полиморфизм
RER - (от англ. Replication Error) - ошибки репарации одноцепочечных разрывов ДНК

Как говорилось выше, хромосомные аберрации встречаются не только в тканях со злокачественными новообразованиями, но также и при доброкачественных и преинвазивных опухолях молочной железы. К ним относятся протоковая гиперплазия, фиброзно-кистозная болезнь, фиброаденома и карциномы in situ. Протоковая гиперплазия характеризуется меньшим количеством хромосомных аномалий по сравнению с другими доброкачественными патологиями, однако некоторые авторы не исключают возможности участия данного патологического состояния в процессах канцерогенеза. Так Xu с соавторами изучили цитогенетические аномалии при различных доброкачественных и преинвазивных новообразованиях молочной железы, включающих протоковую гиперплазию (п=20), атипичную гиперплазию (п=2) и протоковую карциному in situ (п=3), а также 5 образцов с инвазивным раком молочной железы (Xu et al., 2008). В результате хромосомные аберрации были выявлены во всех группах исследованных образцов, однако каждая группа характеризовалась разным количеством нарушений. Среднее число аномалий в группе тканей с протоковой гиперплазией составило 1,9 ± 1,8 на образец. Амплификации были выявлены регионах lq, 2q, Зр, 6р, 7р, llq, 12q, 13q, 16p, 17q и 20q, а делеции в регионах lp, 13q и 16q. В группе с атипичной протоковой гиперплазией среднее число хромосомных аберраций составило 9,5 ±3,5 на образец. Данный показатель для образцов с протоковой карциномой in situ составил 11,0 ± 3,6, а для группы с РМЖ 17,8 ± 5,5 хромосомных перестроек на образец. По числу хромосомных нарушений образцы тканей с протоковой гиперплазией статистически значимо отличались от образцов тканей с атипичной протоковой гиперплазией, протоковой карциномой in situ и РМЖ (р<0,01). Наиболее общие для исследованных групп амплификации наблюдались в сегментах lq31-qter, 3p21-pter, 6p21-pter, llqll-14, 12qll-qter, 13q21-qter, 16pl2-pter, 17ql2-22, и 20q, при этом наиболее частые делеции были отмечены в сегментах lp36-pter, 13ql 1-14 и 16ql 1-23. Несмотря на значительные различия числа хромосомных аномалий в разных группах, авторы указывают на то, что клетки с протоковой гиперплазией могут быть предшествен-