Изучение генетических факторов риска развития рака яичников

• Автор: Прокофьева, Дарья Симоновна
• Шифр специальности: 03.02.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Уфа
• Количество страниц: 190 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Эпидемиология рака яичников
1.2. Факторы риска развития рака яичников
1.3. Роль генов систем передачи сигнала о повреждении ДНК, регуляции клеточного цикла, репарации ДНК и апоптоза в развитии 17 рака яичников
1.4. Роль генов системы метаболизма эстрогенов в развитии рака ^ яичников
1.5. Полногеномный анализ ассоциаций при изучении рака яичников
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Материалы исследования
2.2 Молекулярно-генетические методы исследования
2.2.1 Выделение ДНК из периферической крови
2.2.2 Полимеразная цепная реакция синтеза ДНК
2.2.3. Аллель-специфичная ПЦР
2.2.4. Аллель-специфичная дуплексная ПЦР
2.2.5. Рестрикционный анализ
2.2.6. Анализ кривых плавления с высокой разрешающей способностью (HRM)
2.2.7. Определение нуклеотидной последовательности ДНК
2.2.8. Метод дискриминации аллелей TaqMan (Gene Expression Assays)
2.2.9. Установление лимфобластоидной клеточной линии
2.2.10. Выделение белков из лимфобластоидной клеточной линии
2.2.11. Вестерн-блот анализ
2.2.12. Иммуноцитохимический анализ
2.3. Статистические методы
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ 6
3.1. Анализ мутаций c.5266dupC, c.l81T>G и c.4034delA в гене BRCA1 у ^ больных раком яичников
3.2. Анализ мутации c.5946delT (6174delT) в гене BRCA2 у больных раком яичников и в контрольной группе
3.3. Скрининг мутаций CHEK2dele9,10(5kb), IVS2+1G>A, 1 lOOdelC и полиморфного варианта I157T в гене СНЕК2 в выборке больных раком 73 яичников и в группе контроля
3.4. Анализ мутации c.5932G>T (р.Е1978Х) в гене АТМу больных раком яичников и в контрольной группе

3.5. Анализ мутации c.657del5 в гене NBNу больных раком яичников и

в контрольной группе
3.6. Анализ кодирующего региона гена PALB2 (Partner and localizer of g^ BRCA2) у больных раком яичников
3.7. Анализ кодирующего региона гена RAD51D у больных раком яичников с семейной историей рака яичников и/или рака молочной 95 железы
3.8. Изучение варианта c.3855insl23 в гене MDC1 (Mediator of DNA ^ damage checkpoint 1) у женщин с онкопатологией
3.9. Анализ ассоциаций однонуклеотидных полиморфных вариантов «■3814113 / 9р22.2, «8170 / 19р13.11, «2072590 / 2q31, «2665390 / 3q25, «10088218 / 8q24, «9303542 / 17q21, «2736108 и «2736109 в гене TERT с раком яичников
3.10. Анализ ассоциации полиморфных локусов «762551 в гене
CYPJA2, «2740574 в гене CYP3A4, «1056836 в гене CYP1B1, «4680 в 133 гене СОМТ и «700519 в гене CYP19 с риском развития рака яичников
3.11. Изучение роли межгенных взаимодействий в формировании предрасположенности к раку яичников
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ j 5
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ
РЯ -рак яичников
РМЖ -рак молочной железы
РБ - Республика Башкортостан
OR -OddsRatio (соотношение шансов)
Cl -Confidence interval (доверительный интервал)
GWAS - полногеномный анализ ассоциаций
BRCA1 - Breast cancer 1 gene (ген, ассоциированный с РМЖ 1)
BRCA2 - Breast cancer 1 gene (ген, ассоциированный с РМЖ 2)
СНЕК2 - Checkpoint kinase 2, S Pombe, homolog of (ген киназы
сверочных точек 2)
ATM - Ataxia-telangectasia mutated gene (ген атаксии
телеангиэктазии)
NBN - Nibrin (ген нибрина)
MDC1 - Mediator of DNA damage checkpoint protein
(медиаторсверочных точек повреждений ДНК 1)
PALB2 - Pertner and localizer of BRCA2 (партнер и локализатор
BRCA2)
RAD51D — RAD51, S. Cervisiae, homolog of, D (RAD51 гомолог D (S.
cerevisiae))
SNP - однонуклеотидный полиморфный вариант
дорогостоящего сканирования генома и сохранить статистическую значимость исследования [109]. Как правило, геномное сканирование проводится на начальном этапе в первой фазе исследования, которая состоит из групп больных и контроля, а затем небольшая часть полиморфных вариантов, показавшая ассоциацию с заболеванием на первом этапе, повторно анализируется во второй и третьей фазах, которые также состоят из групп больных и контроля. Некоторые исследования начинают с небольшого числа участников эксперимента и большого числа полиморфных локусов. Такой подход минимизирует ложноположительные результаты [69]. В других исследованиях, напротив, участвуют большое число исследуемых и небольшое количество полиморфных вариантов [291]. При этом, оптимальное число участников для каждой фазы исследования до сих пор не определено, однако известно, что уменьшение числа однонуклеотидных полиморфных вариантов в первой фазе исследования приводит к ограничению ассоциации тех полиморфных вариантов, которые обладают относительно большим эффектом [111].
В полногеномных исследованиях, при выборе участников группы больных, обращают внимание на такие показатели, как, ранний возраст начала заболевания или наличие случаев заболевания у ближайших родственников, поскольку, неправильная классификация участников исследования может существенно снизить значимость результатов. При выборе участников группы контроля важное внимание уделяют этническому составу исследуемой группы, которая должна быть идентичной с группой больных, что необходимо для правильного определения риска развития заболевания. Кроме того, важной составляющей любого исследования является составление сравнительной таблицы основных характеристик для носителей заболевания и для лиц из контрольной группы, что позволяет оценивать сопоставимость и значимость сравниваемых групп, особенно для многофакторных заболеваний, которые подвержены воздействию разнообразных генетических и экологических факторов [52]. В анализе должны быть сформулированы важные отличия между группами, для того, чтобы