Влияние экологических условий на разнообразие микробных сообществ солоноватых озер Забайкалья

• Автор: Егорова, Дарья Васильевна
• Шифр специальности: 03.02.08, 03.02.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Улан-Удэ
• Количество страниц: 146 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ СОКРАЩЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1 Характеристика Забайкалья и распространение
минеральных озер на его территории
1.2. Микробные сообщества содово-соленых озер
1.2.1. Трофические взаимодействия и активность процессов
1.3. Основные подходы к изучению микробных сообществ
1.4. Применение методов молекулярной биологии
1.4.1. Биохимические методы
1.4.2. Методы на основе нуклеиновых кислот
1.4.3. Профили микробных сообществ
1.4.4. Флуоресцентная гибридизация in situ (FISH)
1.4.5. Микробная идентификация на основе экологических
функций
1.4.6. Технологии микрочипов
1.5. Заключение к литературному обзору
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ
ГЛАВА 2. ОБЪЕКТЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
2.1. Характеристика исследуемых озер
2.2. Методы отбора проб
2.3. Методы полевых и лабораторных химических
исследований
2.4. Оценка активностей процессов разложения белка и
целлюлозы в осадках исследуемых озер
2.5. Методы учета численности бактерий
2.6. Методы выделения и поддержания чистых культур
2.7. Методы изучения морфологии клеток
2.8. Методы исследования экофизиологических и биохимических характеристик штаммов
2.9. Хемотаксономические методы характеристики штаммов
2.10. Генетические методы
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Краткая характеристика объектов исследования
3.2. Характеристика культивируемого микробного сообщества

3.2.1. Количественная характеристика структуры микробного
сообщества осадков озер
3.2.2. Вертикальное распределение бактерий в донных осадках
оз. Соленое, Верхнее Белое и Зун-Торей
3.2.3. Оценка активностей процессов разложения белка и
целлюлозы в осадках исследуемых озер
3.3. Характеристика разнообразия культивируемого
бактериального сообщества различных экотопов озер
3.3.1. Экофизиологическая характеристика культивируемых
бактерий
3.3.2. Генотипическая характеристика культур
3.3.3. Новый таксон рода ВеШеІІа филы ВайегЫсШеэ
3.4. Характеристика микробного сообщества молекулярными
методами
3.4.1. Оценка разнообразия с помощью ПЦР с групп-
специфичными праймерами
3.4.2. Оценка разнообразия микробного сообщества оз. Соленое с
помощью ПЦР - ДГТЭ-анализа
3.4.3. Использование ДГГЭ-анализа для оценки разнообразия
накопительных культур
3.4.4. Оценка разнообразия с помощью данных пиросеквенирования
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЕ

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ СОКРАЩЕНИЙ
АБС - бактериохлорофилл-<з содержащие бактерии
АФБ - аноксигенные фотоэубактерии
ДГГЭ (ОООЕ) - денатурирующий градиентный гель-электрофорез
мМ - миллимоль
нк - накопительные культуры
ОВ - органическое вещество
ОМ - общая минерализация
ОТЕ - операциональная таксономическая единица
ПБ - протеолитические бактерии
ПЦР - полимеразная цепная реакция
рДНК - рибосомальная дезоксирибонуклеиновая кислота
рРНК - рибосомальная рибонуклеиновая кислота Сорг - углерод органический (органическое вещество)
ЦРБ - целлюлозоразлагающие бактерии

микробного сообщества для метагеномного анализа (Dumont et al., 2006). SIP как и любые другие методы, используемые в микробной характеристике имеет ограничения по отношению к требуемой чувствительности, к способам экстракции и очистки ДНК/РНК и последующему анализу меченого материала. Недостаточная инкубация или количество ДНК/РНК-SIP дают сведения, которые не представляют естественный обмен веществ в окружающей среде (Neufeld et al., 2007).
Зондирование обратного генома. Этот подход предполагает выделение хромосомной ДНК чистых культуры из стандартных видов микроорганизмов с последующей перекрестной гибридизацией (Voordouw et al., 1991). Это позволяет чистым бактериальным культурам развиваться в массиве, который затем может быть использован для анализа выделенной ДНК. Геномы, которые обладают более чем 70% гибридизацией, часто рассматриваются как один вид. Когда ДНК-зонды интересующего сообщества готовы, они используются для гибридизации с геномными микрочипами (Voordouw et al., 1991; Greene and Voordouw, 2003). С момента своего появления, метод был использован в характеристике сульфатредуцирующих бактерий (SRB) нефтяного месторождения и в выявлении углеводородразлагающих бактерий в почве (Shen et al., 1998). Применение метода в анализе проб окружающей среды ограничено в информации геномов представителей микробного сообщества (Voordouw et al., 1991). Применение этого метода весьма ограничено из-за выбора организма, который будет использоваться в качестве стандарта в подготовке геномного массива, так как представители микробного сообщества почвы и воды неизвестны в полном объеме или являются некультивируемыми.
1.4.6. Технологии микрочипов
Технология ДНК-микрочипов является мощным инструментом для изучения биологических процессов в природе, включая внутри микробных