Таксономия и филогения нематод инфраотряда Rhigonematomorpha из кишечника тропических Diplopoda

• Автор: Малышева, Светлана Владимировна
• Шифр специальности: 03.02.04, 03.02.11
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 194 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. ИСТОРИЯ ИЗУЧЕНИЯ НЕМАТОД НАДСЕМЕЙСТВ КНЮОКЕМАТОГОЕА И ЯАЫЗОММЕМАТОГОЕА
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
2Л. Сбор материала
2.2. Приготовление глицериновых препаратов и их исследование методом световой микроскопии
2.3. Изучение нематод методом сканирующей электронной микроскопии
2.4. Молекулярные методы исследования нематод
2.5. Обработка полученных нуклеотидных данных
ГЛАВА 3. ОПИСАНИЯ ВИДОВ НЕМАТОД ЗАДНЕЙ КИШКИ МНОГОНОЖЕК
3.1. Описания новых видов нематод семейства Нейпёае
3.2. Описания новых видов нематод семейства Сагпоу1бае
3.3. Описания новых видов нематод семейства 1сЬЙ1уосер]1а1бае
3.4. Описания новых видов нематод семейства Мц§опетайс1ае
ГЛАВА 4. МОРФОЛОГИЧЕСКИЕ ОСОБЕННОСТИ И НУКЛЕОТИДНЫЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ В ТАКСОНОМИИ РИГОНЕМАТОМОРФ
4.1. Особенности морфологии ригонематоморф
4.1.1. Особенности организации Юп§опета1о1с1еа
4.1.2. Особенности организации КапзотпепШФйеа
4.2. Молекулярно-таксономические признаки в систематике ригонематоморф

ГЛАВА 5. ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ РИГОНЕМАТОМОРФ И ИХ ПОЛОЖЕНИЕ В СИСТЕМЕ НЕМАТОД
5.1. Сравнительная морфология Rhigonematoidea и ЯапзотпетагФёеа и проблема единства ригонематоморф
5.2. Сравнительный анализ онтогенетического развития представителей надсемейств Шщопетайнёеа и КапзотпетаЕчбеа
5.3. Молекулярно-филогенетический анализ родственных отношений в пределах надсемейств Ш^опетайлёеа и Капвотпетаймбеа
5.4. Филогенетические отношения ригонематоморф и других групп паразитических нематод
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
СПИСОК ИЛЛЮСТРАТИВНОГО МАТЕРИАЛА

ВВЕДЕНИЕ
Актуальность исследования. Нематоды (Nematoda) представляют собой один из наиболее многочисленных типов животного царства (Hodda, 2007). Одним из направлений эволюционного развития этой группы животных стало их проникновение внутрь других живых организмов, с формированием симбиотических отношений разной степени напряженности - от форезии до истинного паразитизма.
Объектом настоящего исследования были выбраны представители двух надсемейств инфраотряда Rhigonematomorpha: Rhigonematoidea (ригонематоидеи) и
Ransomnematoidea (рансомнематоидеи), обитающие в половозрелом состоянии в кишечнике крупных тропических многоножек-диплопод. Диплоподы являются одними из наиболее древних обитателей суши, первые находки которых относятся к концу ордовикского периода (Головач, 1980). Некоторые из этих нематод (сем. Hethidae) питаются исключительно бактериями просвета кишки хозяина, чему способствуют сложные структуры их головного конца. Для некоторых представителей (Zalophora) доказано хищничество - питание другими нематодами, обитающими в том же просвете кишки хозяина. Особенности биологии подавляющего большинства других нематод этих двух надсемейств все еще остаются неизвестными. Филетические связи этих двух таксонов нематод и их место в эволюционной истории всего типа представляют значительный интерес, как один из путей становления паразитизма в пределах типа Nematoda.
Цель и задачи исследования. Целью данного исследования было проведение ревизии системы нематод надсемейств Rhigonematoidea и Ransomnematoidea и определение филетических связей этих двух таксонов нематод кишечника многоножек. Определены следующие задачи:
1. Провести морфологическое изучение возможно большего числа родов нематод надсемейств Rhigonematoidea и Ransomnematoidea.

Для амплификации участка D2-D3 рибосомальной последовательности большой субъединицы (28S рДНК) использовали праймеры D2A (5'-ACA-AGT-ACC-GTG-AGG-GAA-AGT-TG-3') и D3B (5'-TCG-GAA-GGA-ACC-AGC-ТАС-ТА-3') (Nunn, 1992). А также LSU391 (5'-AGC-GGA-GGA-AAA-GAA-АСТ-АА-3') и LSU501 (5'-TCG-GAA-GGA-ACC-AGC-TAC-TA-3') (Nadler et al„ 2006). Параметры ПЦР-реакции для пары праймеров D2A и D3B: первичная денатурация - 94°С, 5 мин; затем 34 цикла с одинаковыми параметрами (94°С, 60 с; 50°С, 60 с и 72°С, 60 с), после чего происходила финальная элонгация в течение 10 мин при 72°С. Параметры ПЦР-реакции для пары LSU391 и LSU501: первичная денатурация - 94°С, 4 мин; затем 35 циклов с одинаковыми параметрами (94°С, 30 с; 56°С, 30 с и 72°С 1 мин); финальная элонгация в течение 7 мин при 72°С.
Для представителей Ransomnematoidea для определения характерного уровня межвидовых и межродовых различий нами также были получены
последовательности участка D1-D2 рибосомальной последовательности большой субъединицы (28S рДНК). Нами были использованы универсальные для Metazoa праймеры fwl (5'-AGC-GGA-GGA-AAA-GAA-ACT-A-3') и revl (5'-TAC-TAG-AAG-GTT-CGA-TTA-GTC-3'), предложенные в статье Сонненберга и соавторов (Sonnenberg et al., 2007). На двух таксонах рыб (род Cottus и род Aphyosemiori) авторами было продемонстрировано, что участок D1-D2 может решать проблему родства даже среди очень близких видов с той же точностью, как и последовательности цитохромоксидазы (COI). Параметры ПЦР-реакции: первичная денатурация - 94°С, 4 мин, затем 40 циклов с одинаковыми параметрами (94°С, 20 с; 52°С, 20 с и 72°С 1 мин 30 с), финальная элонгация 72°С, 8 мин (Sonnenberg et al., 2007).
Продукты ПЦР-реакции выявляли в агарозном геле, вырезали и очищали с помощью колонок “Promega” (Wizard® SV Gel and PCR Clean-Up System). Полученные образцы секвенировали с теми же праймерами, которые использовались для ПЦР-реакции.